Yves Congar werd op 13 april 1904 geboren in Sedan, een Frans stadje vlak bij de grens met België. Als kind hield hij een dagboek bij over de Eerste Wereldoorlog, die ook het gezin Congar zwaar trof. Sedan was tijdens deze oorlog bezet door de Duitsers, er werd honger geleden en Yves’ vader werd gedeporteerd. Van 1921 tot 1924 studeerde hij filosofie aan het Institut Catholique te Parijs. Na het vervullen van zijn militaire dienstplicht (1924) trad Yves Congar in 1925 in bij de Dominicanen en nam als ordenaam de voornaam Marie-Joseph aan. Van 1926 tot 1930 volgde hij de theologiestudie aan de Dominicanenhogeschool, die toen gevestigd was in het Waalse plaatsje Le Saulchoir, België. Congar woonde hier ook. Tussen 1925 en 1937 was Congar nauw betrokken bij de Action Catholique, een lekenorganisatie in België en Frankrijk. Dit zou hem later inspireren tot het formuleren van zijn ‘lekentheologie’ (zie Jalons pour une théologie du laïcat uit 1953).

In 1930 werd Congar priester gewijd. Vanaf 1931 doceerde hij fundamentele en dogmatische theologie aan Le Saulchoir. Al vanaf het begin van de jaren ’30 had hij zich verdiept in Luther en het protestantisme, en vervolgens ook in het anglicanisme. Vooral met het oosters christendom kwam hij in nauw contact, dankzij zijn confrater Christophe Dumont, die in 1927 het Centre Istina oprichtte voor contacten met de Russisch-Orthodoxe kerk. De oecumenische gevoeligheid bleef Congar houden, en in 1937 startte hij Unam Sanctam, een uitgavereeks op het gebied van de ecclesiologie die uiteindelijk 77 uitgaven zou gaan kennen. Deze serie gaf mee uiting aan Congars (oecumenische) kerkvisie en beoogde een vernieuwing en renaissance van de katholieke ecclesiologie, tot welzijn van de Kerk als geheel en ter bevordering van haar missie in de wereld. De eerste publicatie in deze serie, Congars oecumenische werk Chrétiens désunis. Principes d'un ‘œcuménisme’ catholique (1937), maakte dat Rome hem kritisch begon te volgen, met name omdat sinds de encycliek Mortalium Animos (1928) katholieken niet werden geacht aan oecumenisch engagement te doen. Deel 2 van de serie (in 1938) was een Franse vertaling van Die Einheit in der Kirche oder das Prinzip des Katholizismus, dargestellt im Geiste der Kirchenvater der drei ersten Jahrhunderte van Johann Adam Möhler (oorspronkelijk uit 1825) en De Lubacs beroemde Catholicisme, les aspects sociaux du dogme (eveneens 1938) was deel 3. Congar moest zijn werk onderbreken toen hij werd opgeroepen als hospitaalsoldaat voor het Franse leger. Vanaf 1940 bracht hij vijf jaren door in Duitse krijgsgevangenschap.

Al tijdens zijn thomistische opleiding, waarin Congar vertrouwd raakte met het werk van Thomas van Aquino, voelde hij zich zeer aangetrokken tot het werk van moderne Franse filosofen zoals Maurice Blondel en hun kritiek op het neothomisme. Hij signaleerde (cf. De Lubac) dat de Kerk met haar juridisch-hiërarchische focus en de neothomistische strikte scheiding tussen de werelden van God en mens debet waren aan de groeiende ongelovigheid en religieuze onverschilligheid, zowel in Frankrijk als daarbuiten. Reeds in 1934 had hij hierover een artikel geschreven. Congar beschouwde het toenemende atheïsme in Europa als symptoom van een Kerk die aan vernieuwing toe was, wilde zij haar missie uit kunnen voeren - zeker in een moderne wereld. De Kerk moest weer op de wereld betrokken zijn, en getuigen van Jezus Christus. 

Samen met o.a. zijn leraar en collega Marie-Dominique Chenu zocht hij naar herbronning van de theologie. In dit streven geraakten deze dominicanen steeds meer verwijderd van de ‘barokke theologie’ die in de Contrareformatie was ontstaan en bekritiseerde hij de neothomistische scholastiek die vanaf eind 19e eeuw het katholieke theologische landschap bepaalde. De Kerk was gedurende de eeuwen te veel in zichzelf gekeerd geraakt, te hiërarchisch en juridisch en triomfalistisch geworden, en van de wereld om zich heen vervreemd. Vernieuwing was nodig, niet in afzetting tegen de traditie, maar door een terugkeer naar de vroege bronnen van het christendom (de Schrift en de Traditie zoals hij die zag bij de kerkvaders). Dat vertaalde zich in het uitgeven van nieuwe kritische edities van kerkvaderteksten, maar ook een andere lezing van Thomas van Aquino was het gevolg. Het thomisme van Congar en zijn collegae was niet meer een deductief systeem, maar een theologie die zich liet inspireren door de historische Thomas. Van daaruit hoopte hij een levendiger vorm van geloof te vinden die paste bij de moderne mens die geconfronteerd werd met een wereld van toenemend atheïsme. 

Met deze denkbeelden behoorde Yves Congar tot de kern van een groep theologen die met de naam 'Nouvelle Théologie' aangeduid werden. De benaming ‘Nouvelle Théologie’ was in feite een negatieve kwalificatie, die voor het eerst werd gebruikt in een artikel van Pietro Parente in L’Osservatore Romano in 1942. Later nam de klassieke neothomist en mededominicaan Réginald Garrigou-Lagrange deze omschrijving over. De vernieuwers zelf echter verkozen te spreken van een ‘ressourcement-theologie’, omdat zij een terugkeer naar de christelijke bronnen bepleitten. Tot deze stroming behoorden onder anderen ook Henri de Lubac, Hans Urs von Balthasar, Marie-Dominique Chenu en Jean Daniélou. Deze beweging heeft voor grote veranderingen gezorgd binnen de Kerk en bereidde de weg voor het Tweede Vaticaans Concilie.

Yves Congars ideeën over de hervorming die de Kerk volgens hem nodig had, schreef hij op in zijn boek Vraie et fausse réforme dans l'Église (1950). Hij wees erop dat de Kerk in de eerste plaats pastoraal diende te zijn in plaats van een statisch ‘intellectueel denksysteem’ als fundament te hanteren, zoals dat in de periode van het neothomisme steeds nadrukkelijker leek te gebeuren. Inspiratie voor zijn visie putte Congar uit de kerkvaders, uit Thomas van Aquino, maar ook uit het werk van denkers als Newman, Möhler (1796-1838) en Blondel (1861-1949). Het woord ‘hervorming’ wekte echter wantrouwen in Rome en maakte Congar in kerkelijke ogen steeds verdachter. Reeds in 1942 werd het werk van bevriende theologen als De Lubac op de Index van verboden boeken geplaatst en in de encycliek Humani generis (1950) nam paus Pius XII stelling tegen een aantal denkbeelden van de Nouvelle Théologie. Henri de Lubac en Yves Congar werden niet met naam genoemd, maar waren duidelijk geviseerd.

In 1953 verscheen Congars Jalons pour une théologie du laïcat waarin hij zijn visie op de rol van de leken in de katholieke Kerk ontvouwde.

Nadat Congars werk jarenlang kritisch gevolgd was door Rome, volgde in februari 1954 zijn ‘verbanning’: zijn leerbevoegdheid werd hem ontnomen vanwege de ‘modernistische’, kritische en pro-oecumenische theologische positie die hij innam. Hij moest Le Saulchoir verlaten (samen met zijn collega’s Chenu, Féret en Boisselot) en koos ervoor om naar Jeruzalem te vertrekken, en aansluitend naar Cambridge. Slechts door de bemiddeling van de bisschop van Straatsburg kon hij in 1956 terugkeren naar Frankrijk. Maar het voelen van wantrouwen van de hiërarchie jegens hem zou nog tot 1960 voortduren.

Ook tijdens zijn verbanning bleef Congar zich wijden aan zijn missie en levenswerk: de Kerk vernieuwen, zowel ecclesiologisch, antropologisch als pastoraal. Hij bleef in die sombere periode doorgaan met het schrijven van boeken en artikelen, ook al was publiceren lastiger geworden vanwege de strenge censuur die Rome hem oplegde. Hij droeg zijn lijden met geduld en waardigheid en beschouwde het als een kruis dat hij nou eenmaal moest dragen. 

Aan deze persoonlijke crisisjaren kwam pas een einde toen hij in 1960 vernam dat paus Johannes XXIII hem, samen met Henri de Lubac, benoemd had als consultor voor de voorbereidende theologische commissie van Vaticanum II (1962-1965). De nieuwe paus had minder problemen met de denkbeelden van de 'nouvelle théologie’, zoals bleek uit de openingsrede van het Tweede Vaticaans Concilie, Gaudet Mater Ecclesia, waarin de paus aangaf dat er een onderscheid is tussen de geloofswaarheden zelf en de manier waarop ze worden uitgedrukt. Op dit laatste vlak is het mogelijk om nieuwe uitdrukkingen te vinden, meer aangepast aan de noden van de tijd. Daarmee nam Johannes XXIII een van de basisinzichten van de nouvelle théologie op, en werd het voor theologen als Congar mogelijk een prominente rol te spelen. De Lubac werd aansluitend gevraagd als peritus (theologisch expert) voor dit concilie. Congar werd pas peritus toen de Belgische bisschoppen/theologen hem in 1963 uitnodigden om hen als theoloog-adviseur terzijde te staan. Zij vroegen de status van peritus voor hem aan en boden hem onderdak in het Belgisch College te Rome.

Yves Congars deelname aan het concilie impliceerde zijn rehabilitatie door Rome. Hij stelde zich volledig ten dienste van het Tweede Vaticaans Concilie, dat hij beschouwde als het bereiken van zijn hoogste doel, van zijn missie: bijdragen aan de vernieuwing van de Kerk zodat zij kon bloeien in de moderne wereld. Tijdens de opening van het concilie op 11 oktober 1962 (na de afronding van zijn werk als consultor en ruim voor zijn benoeming tot peritus) schreef hij in Rome in zijn conciliedagboek: ‘Mijn God, die me daar hebt gebracht langs wegen die ik niet heb gekozen, ik offer me aan U, om als U het wil, instrument te zijn van uw Evangelie op dit belangrijk Kerkgebeuren’. Door zijn theologische expertise, aanwezigheid in verschillende conciliaire commissies, politieke vaardigheden en talent om mensen bij elkaar te brengen heeft Yves Congar zeer veel bereikt tijdens dit concilie.

In diverse conciliedocumenten is de invloed van Yves Congar - net als die van Henri de Lubac - duidelijk te herkennen, zoals in de ecclesiologische constitutie Lumen Gentium (1964), waarin over de kerkgemeenshap als Volk Gods en Communio wordt gesproken. Ook op het decreet over de katholieke oecumene Unitatis Redintegratio (1964) en op de openbaringsconstitutie Dei Verbum (1965) heeft Congar duidelijk herkenbare invloed uitgeoefend.

In 1965 richtte hij samen met collega-theologen Hans Küng, Johann Baptist Metz, Karl Rahner en Edward Schillebeeckx het progressieve theologische tijdschrift Concilium op.

Vanaf de jaren ’70 gaat het steeds slechter met Congars gezondheid. Hij woont inmiddels in Parijs, kan zich slechts nog per rolstoel verplaatsen en wordt door zijn ziekte gedwongen zijn activiteiten te beperken. In deze periode schrijft hij onder andere diverse pneumatologische (d.w.z.: over de Heilige Geest) werken, waaronder het beroemde Je crois en l'Esprit-Saint, dat tussen 1978 en 1980 verscheen in drie delen. Ook over de oecumene blijft hij leren en publiceren, maar met zijn opname in het ‘Institution des Invalides’ in 1984 komt er nagenoeg een einde aan de stroom uitgaven van zijn hand. 

In 1994 volgde Yves Congars definitieve en volledige rehabilitatie, toen hij door paus Johannes Paulus II kardinaal werd gecreëerd. Congar was op dat ogenblik niet in staat naar Rome af te reizen, en het was kardinaal Willebrands die naar hem toe reisde om de kardinaalshoed te overhandigen. Congar stierf ruim een half jaar later, op 22 juni 1995, in Parijs en werd aldaar begraven.

Yves Congar wordt zeer gerespecteerd vanwege zijn grote verdiensten als kerkvernieuwer, als invloedrijk concilietheoloog en als wegbereider van de oecumene. Ondanks zijn zwakke gezondheid leverde hij talloze publicaties: meer dan 50 boeken en vele honderden artikelen. Van 1969 tot 1985 was hij lid van de internationale theologencommissie in Rome.

Kenmerkend voor Congar waren zijn aandacht voor de (moderne) wereld, ijver voor de opwaardering van de rol van de leken in de Kerk, inspanningen voor de oecumene, oog voor historie en traditie en, bovenal, zijn grote liefde voor de Kerk, die hij zelf wel vergeleek met de liefde voor een persoon. Hij ervoer het als zijn missie om, juist door een terugkeer naar de bronnen van het christendom, de Kerk te vernieuwen en haar functioneren in de moderne wereld te bevorderen. Hoewel hij een groot theoloog was en een omvangrijk oeuvre heeft nagelaten, was Père Congar misschien nog wel meer een man van gebed, geloof en liefde voor de Kerk dan van de systematisch uitgewerkte ideeën.