Bij de klassieke dichters komt het woord ‘hypostase’ maar twee keer voor, terwijl het ook bij de filosoof Plato in het geheel niet is te vinden. Het ermee samenhangende werkwoord hyphistasthai vinden we vaker, met uiteenlopende betekenissen. Aristoteles gebruikt ‘hypostase’ wel, maar niet in ontologische zin. Bij hem, en bij anderen zoals de arts Hippocrates, geeft het werkwoord aan dat een vaste stof zich afzet vanuit een vloeistof. ‘Hypostase’ kan dan zowel het proces van het zich afzetten als het resultaat, het sediment, betekenen. In deze zin is men het woord, naast andere betekenissen, eeuwenlang blijven gebruiken.
In het dagelijks spraakgebruik kon het woord een veelheid aan betekenissen krijgen, uiteenlopend van ‘fundament’ en ‘grond (voor hoop)’ tot ‘opstelling’ en ‘toestand’. Dit is goed zichtbaar in de Septuaginta (LXX), de vóór Christus gemaakte Griekse vertaling van het Oude Testament, waarin het zo’n twintig keer voorkomt, als vertaling van niet minder dan twaalf verschillende Hebreeuwse woorden.
Een meer filosofische betekenis heeft het in eerste instantie gekregen bij de Stoa. Omdat volgens de stoïcijnse filosofie de reële dingen in deze wereld voortkwamen uit de oerstof, kon het sedimenteren als metafoor gelden voor het ontstaan van de dingen. Aanvankelijk werd ook hier alleen het werkwoord hyphistasthai gebruikt. In de tweede eeuw vóór Christus kreeg ‘hypostase’ de dubbele betekenis van ‘reëel worden, ontstaan, verwerkelijken’ en ‘dat wat reëel bestaat’. Vanuit het stoïcisme verspreidde de term zich naar andere filosofische stromingen.
Bij de peripatetici, de volgelingen van Aristoteles, kreeg het vooral de tweede van beide betekenissen: dat wat reëel bestaat. Aristoteles maakte onderscheid tussen substanties, dingen die op zichzelf kunnen bestaan, en accidentia, die met een substantie verbonden moeten zijn om te kunnen bestaan. Zo is een bepaalde mens een substantie (Grieks: ousia), maar eigenschappen als ‘lang’ of ‘ijverig’ zijn accidentia, omdat ze bestaan bij de gratie van de substantie ‘deze mens’. De neiging bestond nu om het woord ‘hypostase’ vooral voor substanties te gebruiken, al werd het werkwoord hyphistasthai ook wel voor accidentia gebruikt. Daarmee werden substantie (ousia) en hypostase (hypostasis) tot op zekere hoogte synoniem, maar één verschil was in ieder geval dat het bij hypostase alleen om het reële bestaan ging, terwijl bij substantie ook een bepaalde vorm van bestaan meegedacht werd (bestaan als mens of als paard of als huis).
In het neo-platonisme dat in de derde eeuw door Plotinus is ontwikkeld en daarna door zijn leerling Porphyrius verder is uitgewerkt, kreeg ‘hypostase’ wel een meer specifieke betekenis, maar die heeft op de christelijke theologie weinig invloed gehad.
In het begin van de vierde eeuw ontstond de strijd tussen bisschop Alexander van Alexandrië en zijn presbyter Arius over de goddelijkheid van Christus, die spoedig tot verdeeldheid leidde in grote delen van de kerk. Volgens Alexander was Christus God, evenals de Vader, volgens Arius was Christus ondergeschikt aan de Vader en was de Zoon er ooit niet geweest. Op het oecumenische concilie van Nicea (325) werd de strijd in het voordeel van Alexander beslist en de dogmatische positie vastgelegd in het Nicenum, de geloofsbelijdenis van Nicea.
Volgens de geloofsbelijdenis is de Zoon één van wezen (homoousios) met de Vader, maar het anathema dat aan het credo werd toegevoegd, vervloekt hen die zeggen dat de Zoon ‘uit een andere hypostase (hypostasis) of substantie (ousia) voortkwam’. Hier worden ‘hypostase’ en ‘substantie’ als synoniemen naast elkaar gebruikt. De strijd tussen de aanhangers van het concilie van Nicea (de ‘homoousianen’) en de volgelingen van Arius (de arianen) was hiermee echter geenszins beslecht en duurde nog minstens tot het oecumenische concilie van Constantinopel (381).
Hoofdrolspelers in de strijd die volgde waren Athanasius, aartsbisschop van Alexandrië en opvolger van Alexander, en de Cappadocische vaders, Basilius van Caesarea (de Grote), Gregorius van Nazianze en Gregorius van Nyssa. Zij begonnen duidelijk onderscheid te maken tussen ‘hypostase’ en ‘substantie’. Bovendien ging het in het vervolg van de strijd niet alleen meer om Vader en Zoon, maar ook om de heilige Geest. Met ‘substantie’ drukten zij uit dat Vader, Zoon en Geest dezelfde godheid hebben; de Vader is niet méér dan de Zoon of de Geest. Maar ook hun eenheid werd hiermee tot uiting gebracht: zij zijn één substantie.
Om de drieheid uit te drukken werden de termen ‘naam’ (onoma) en ‘persoon’ (prosôpon) gebruikt, maar die waren voor misverstand vatbaar. Zij konden namelijk ook dusdanig worden verstaan dat Vader, Zoon en Geest alleen in naam van elkaar verschilden. Ook het woord prosôpon was onvoldoende onderscheidend, want dat kon worden opgevat in de zin van een rol die iemand speelt. Beide termen konden dus worden geïnterpreteerd op een wijze die werd afgewezen en die ‘sabellianisme’ en ‘modalisme’ werd genoemd: dat het in feite om slechts één goddelijke persoon ging met drie namen, die zich in drie rollen voordeed.
Met de introductie van de term ‘hypostase’ voor de drieheid wilde men de modalistische interpretatie nadrukkelijk buitensluiten. Vader, Zoon en Geest werden drie hypostasen genoemd, waarmee werd aangegeven dat ze weliswaar één God zijn, maar niettemin elk een eigen bestaan hebben. ‘Hypostase’ heeft hier nadrukkelijk de betekenis van ‘reëel bestaan’, niet maar een rol, en tegelijkertijd de betekenis van ‘bestaan als substantie’: de Zoon en de Geest zijn volledig God, evenals de Vader.
Terwijl de strijd over de godheid van Christus en de Drie-eenheid nog gaande was, kwam ook de vraag naar de mensheid van Christus al op. Apollinarius van Laodicea wilde zijn godheid veilig stellen, maar de oplossing die hij bedacht werd niet positief ontvangen. Hij ging uit van een trichotomistisch mensbeeld: de mens bestaat uit een lichaam (sôma), een ziel (psykhê) en een geest (nous); ziel en geest samen worden ook wel ‘rationele ziel’ (psykhê noera) genoemd. Volgens Apollinarius was in Christus de menselijke geest vervangen door de Logos, de eeuwige Zoon van God. Het geheel van de goddelijke Logos, de menselijke ziel en het menselijke lichaam noemde hij één hypostase.
Het verzet tegen deze visie liet niet lang op zich wachten. Al sinds Ireneaus werd van Christus gezegd dat zowel zijn godheid als zijn mensheid volmaakt waren. Als hij echter geen menselijke nous had, zoals Apollinarius leerde, dan was Christus niet volmaakt mens. De leer van Apollinarius werd dan ook veroordeeld, op concilies in Rome (377) en Antiochië (379) en ten slotte op het oecumenische concilie in Constantinopel (381). Volgens Marcel Richard werd de term ‘hypostase’ behalve door Apollinarius en zijn volgelingen nauwelijks gebruikt in de christologie totdat de nestoriaanse controverse uitbrak.
Nestorius werd in 428 aartsbisschop van Constantinopel en vrijwel onmiddellijk begon de controverse over de persoon van Christus. Zijn grote tegenspeler was Cyrillus, aartsbisschop van Alexandrië. Deze introduceerde het woord ‘hypostase’ opnieuw in het christologische debat. Hij beschuldigde Nestorius ervan Christus op te delen in twee hypostasen en twee ‘personen’ (prosôpon), in het goddelijke Woord en de mens Jezus. Daartegenover stelt hij dat Christus één hypostase en één ‘persoon’ is. ‘Hypostase’ heeft bij Cyrillus de betekenis van ‘reëel bestaan’, toegepast op een substantie. Om er geen onduidelijkheid over te laten bestaan dat hij bij Nestorius leest dat het om twee afzonderlijke, van elkaar gescheiden hypostasen gaat, voegt hij meestal een uitdrukking als ‘op zichzelf staand’ of ‘gescheiden’ toe.
Voor het gebeuren van de incarnatie gebruikt Cyrillus aanvankelijk veelvuldig de uitdrukking ‘hypostatische vereniging’ (henôsis kath’ hypostasin) om aan te geven dat het om een werkelijke vereniging gaat die tot één hypostase leidt. Nadat hij van Antiocheense zijde kritiek heeft ontvangen, omdat hij deze uitdrukking zelf heeft bedacht en niet aan de vaders ontleend, laat hij hem vallen.
Op het oecumenische concilie van Chalcedon (451) wordt vervolgens uitgesproken dat Christus ‘in twee naturen wordt gekend’, die ‘in één persoon (prosôpon) en één hypostase samenkomen’. Het onderscheid tussen hypostase en substantie, dat in de triniteitsleer was aangebracht, wordt nu ook in de christologie verscherpt, zij het dat in plaats van ‘substantie’ het synonieme woord ‘natuur’ (physis) wordt gehanteerd: Christus is één hypostase, maar in hem zijn twee naturen (substanties) kenbaar. Hiermee deed het woord ‘hypostase’ officieel intrede in de christologie van de kerk. Er bleven echter nog allerlei vragen over waarop in de eeuwen na het concilie een antwoord werd gezocht.
In de definitie van Chalcedon wordt het resultaat van de incarnatie ‘hypostase’ genoemd, de eenheid van de goddelijke en de menselijke natuur. In de triniteitsleer wordt echter gesproken over de hypostase van de Zoon. Wat de relatie is tussen die twee hypostasen, die van vóór en die van na de incarnatie, was op het concilie nog niet doordacht. In de zesde eeuw komt men ertoe die verbinding te leggen door een herdefiniëring van het begrip ‘hypostase’. Hierbij hebben Leontius van Byzantium en Leontius van Jeruzalem een belangrijke rol gespeeld. Aanvankelijk had ‘hypostase’ twee kenmerken, waarvan het eerste het belangrijkste was: (1) reëel bestaan; (2) afzonderlijk bestaan. Nu werd hier de relatie met naturen (substanties) aan toegevoegd: een hypostase is het reële bestaan van één natuur of van twee of meer verenigde naturen.
De eenvoudigste situatie is dat één natuur haar reële bestaan heeft in een hypostase, bijv. de individuele natuur van een boom bestaat in de hypostase van die boom. Van een mens kan echter enerzijds worden gezegd dat hij één menselijke natuur heeft, anderzijds dat hij bestaat uit twee verenigde naturen: de natuur van zijn lichaam en de natuur van zijn ziel. De mens nu is één hypostase waarin de twee naturen van lichaam en ziel zijn verenigd. Op vergelijkbare wijze werd de incarnatie gezien: Christus is één hypostase waarin zijn goddelijke natuur en zijn menselijke natuur zijn verenigd.
Maar men gaat een stap verder door een relatie te leggen met de hypostase van de Zoon van vóór de incarnatie. Vóór de incarnatie was de Zoon van God één hypostase waarin zijn goddelijke natuur bestond. Bij de menswording is zijn menselijke natuur daaraan toegevoegd: de hypostase na de incarnatie is dezelfde als die van vóór de incarnatie, maar nu omvat die niet alleen de goddelijke maar ook de menselijke natuur. Voor de relatie tussen de hypostase van Christus en zijn menselijke natuur werd de uitdrukking ‘enhypostasie’ ingevoerd: de menselijke natuur heeft zijn bestaan in de hypostase van de Zoon van God.
Ook werd de uitdrukking ‘hypostatische vereniging’, die eerder door Cyrillus van Alexandrië was ingevoerd, opnieuw toegepast. Maar ook deze werd aangepast aan het nieuwe verstaan: ‘hypostatische vereniging’ geeft niet alleen aan dat het resultaat van de incarnatie één hypostase is, maar ook dat de hypostase van de Zoon van God, die hij al vóór de incarnatie had, het verenigende principe is. Het is de hypostase die de beide naturen verenigt.
Zowel de boven genoemde triniteitsleer (dat God één substantie is in drie hypostasen) als de uitgewerkte christologie (de definitie van Chalcedon, aangevuld met het latere verstaan van hypostatische vereniging en enhypostasie) behoren tot de officiële leer van de Rooms-Katholieke Kerk en van de Oosters-Orthodoxe Kerk. De meeste protestantse kerken accepteren officieel de triniteitsleer en de definitie van Chalcedon, maar met name sinds Schleiermacher (begin negentiende eeuw) is de kritiek op de oudkerkelijke verwoording toegenomen.