Kerk en staat vormen al eeuwenlang een weerbarstig koppel met een rijke historie van samenwerken en elkaar de macht bestrijden. De scheiding van kerk en staat is het resultaat van deze lange en boeiende geschiedenis. Zij betekent dat beide instellingen elkaar over en weer vrij laten in de inrichting van de organisatie en de wijze waarop deze bestuurd worden. De Kerk bepaalt dus niet hoe de overheid haar eigen organisatie moet inrichten, en andersom geldt hetzelfde. Koningen benoemen geen bisschoppen meer, bisschoppen kronen geen koningen. Het principe van de scheiding van kerk en staat is te vinden in artikel 6 van de Grondwet, dat bepaalt dat kerken en andere organisaties op religieuze grondslag het recht hebben tot oprichting en inrichting van organisaties waarbinnen hun belijdenis gestalte kan krijgen. Deze organisatievrijheid is voor kerkgenootschappen nader uitgewerkt in artikel 2:2 van het Burgerlijk Wetboek. Dit artikel bepaalt dat kerken hun eigen interne regelingen kunnen treffen, zolang zij daarbij niet in strijd met de wet handelen. De scheiding van kerk en staat houdt niet in dat beide niets met elkaar te maken (kunnen) hebben en ook niet dat uitingen van geloof in de publieke ruimte dienen te worden vermeden.
De RK Kerk is zowel een zichtbare instelling als een geestelijke gemeenschap, geroepen om het heil van God in Christus Jezus te verkondigen. Als gemeenschap van gelovigen is de Kerk een gemeenschap van geloof, hoop en liefde, waarin de verrezen Heer aanwezig en de heilige Geest werkzaam is. Als maatschappelijke en zichtbare instelling heeft de Kerk bestuur en organisatie, wet en recht nodig. Bestuur en recht in de kerk hebben een pastorale doelstelling: zij beogen gunstige voorwaarden te scheppen voor een christelijk leven in gemeenschap met God en met elkaar. Het bestuurlijke en het juridische hebben enkel reden van bestaan in functie van het geloof en de liefde, van het leven uit genade. Kerken vinden hun basis in de theologie van het kerkgenootschap. Juridische regelingen zijn nodig, in de vorm van een wetboek of - in de Protestantse Kerk in Nederland - in de vorm van ordinanties. Kerken kunnen anders niet in het maatschappelijk verkeer functioneren.
Dat kerken en de staat gescheiden zijn is niet altijd zo geweest en ook niet in alle landen op dezelfde wijze geregeld. Alleen al in Europa bestaan veel verschillen in de wijze waarop de positie van kerken is geregeld. Het principe geldt ook in Nederland niet onbeperkt, er zijn veel gebieden en momenten waarop kerk(en) en de staat elkaar ontmoeten. Daarnaast dient ook de kerk zich aan de Nederlandse wet te houden. Het thema van de scheiding van kerk en staat is zeer oud en opnieuw actueel geworden, onder andere door vragen rondom de islam en zijn gebruiken en door het seksueel misbruik in de RK Kerk.