Vanaf de 9e eeuw ontstaan er op kleine schaal ook in parochies scholen. Deze waren van een lager niveau dan de kloosterscholen en kathedraalscholen, maar groter in getal en zodoende beter bereikbaar voor het gewone volk. Op het 3e en het 4e Concilie van Lateranen (1179 en 1215) werd de stichting van parochiescholen gestimuleerd, onder andere door kerken met voldoende middelen te verplichten meesters aan te stellen die les zouden geven in grammatica en andere wetenschappen. Met een school beschikte een kerk ook over een koor, omdat de jongens van de parochieschool (voor meisjes bestonden er nog geen onderwijsinstellingen) verplicht waren te zingen in het kerkkoor.

In de 12e eeuw nam het aantal scholen toe en werd het onderwijs meer en meer toegankelijk voor jongens, die geen leven in de kerk ambieerden. Met de opkomst van de burgerij in de steden, verloor de kerk haar primaat op het onderwijs: stadsbesturen kregen meer en meer de zeggenschap over de parochiescholen. Dit was overigens meer een financieel organisatorische kwestie dan inhoudelijk. De lesstof bestond ook in de stadsscholen uit godsdienst, zingen, bidden, lezen (en voor sommigen) schrijven, aan de hand van christelijke teksten. Ook was net als voor die tijd, met name op de kleinere scholen, de koster van de kerk ook de onderwijzer van de school. Zijn woning was tevens vaak de plek waar les gegeven werd.

Daarnaast brachten de steden een differentiatie van het onderwijs met zich mee. Voor arme kinderen die gedurende de week niet naar school konden, werden gratis toegankelijke zondagsscholen opgericht. Er kwam onderwijs voor meisjes en buiten het huidige Nederland ontstonden de eerste universiteiten.

Speciale vermelding voor het Nederlands grondgebied verdienen de broeders van het gemene leven en het humanisme van Erasmus. De eerste was met name in organisatorisch opzicht belangrijk, Erasmus meer in inhoudelijke zin. De broederschap van het gemene leven was aan het eind van de 14e eeuw rond Geert Grote ontstaan en legde zich toe op de steun van arme studenten, die werden opgeleid voor de geestelijke stand. In een groot aantal steden stichtten zij fraterhuizen, waar deze studenten voeding en onderdak kregen. Ook richtten zij een aantal scholen op en waren zij van grote invloed op reeds bestaande scholen.

Het christelijk humanisme van Erasmus was vooral terug te vinden in de keuze van de lesstof op de grotere scholen, die een leertraject bestreken dat vergelijkbaar is met dat van de huidige lagere school tot en met de universiteit. Middeleeuwse vertalingen en teksten die dienden als lesstof werden vervangen door vertalingen van Erasmus en teksten van klassieke auteurs. Erasmus invloed was van relatief korte duur, met de contra-reformatie verdwenen zijn vertalingen uit het curriculum van katholieke scholen.

De instelling van de Nederduits Gereformeerde kerk als de publieke kerk van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden betekende een verbod op katholiek onderwijs. Hoewel de invoering ervan, enerzijds door onwil bij de bevolking, anderzijds door gebrek aan goed opgeleid calvinistisch personeel, niet zonder slag of stoot ging, was een groot gedeelte van de katholieke scholen in de eerste helft van de zeventiende eeuw protestant geworden, opgeheven of in de illegaliteit verdwenen. In zijn algemeenheid kan gezegd worden dat het katholieken erg moeilijk werd gemaakt om eigen scholen te bezoeken en ontegenzeggelijk heeft het katholiek onderwijs hieronder geleden. De alfabetiseringsgraad in de overwegend katholieke Generaliteitslanden was aan het einde van de achttiende eeuw beduidend lager dan in protestantse gebieden. Maar dit verschil werd waarschijnlijk niet veroorzaakt door het gebrek aan katholiek onderwijs, maar door de nadruk die bij protestanten op het zelf lezen van de bijbel werd gelegd, terwijl in de Generaliteitslanden de school voornamelijk als een plaats voor de opvoeding werd gezien.

Onmogelijk was het volgen van katholiek onderwijs echter niet: Leden van de gegoede burgerij huurden privé-onderwijzers in of lieten hun kinderen in het buitenland naar school gaan. In de katholieke grensgebieden bleven gereformeerde scholen wel eens leeg, dankzij een concurrerende katholieke school net over de grens. Met name vrouwen, veelal klopjes, gaven vaak onder het mom van een naaischooltje basaal katholiek godsdienstonderwijs. In enkele steden bleven ook voor oudere kinderen, tegen een betaling aan de stad, katholieke scholen bestaan. Zeker in Staats-Brabant waren ‘paapsche’ bijscholen een structureel fenomeen. Tenslotte werd er in de loop van de 18e eeuw, toen de calvinistische zendingsdrang wat geluwd was, in het algemeen in de religieus gedifferentieerde Republiek met de achtergrond van leerlingen wel rekening gehouden en was men in de overwegend katholieke gebieden vaak minder streng in de calvinistische leer. Over de inhoud van het katholieke onderwijs is vergelijking met het protestantse weinig bekend, omdat er door de clandestiene aard nauwelijks gegevens bewaard zijn.

De schoolwet van 1857 bepaalde dat alleen openbaar onderwijs door de staat gesubsidieerd werd. Hierdoor en vanwege het feit dat in homogeen katholieke gebieden openbaar onderwijs meer en meer katholiek getint werd, bleef het aantal katholieke scholen gering. Het episcopaat, dat sinds 1853 weer in Nederland gevestigd was, was druk doende de kerkprovincie her op te bouwen en bemoeide zich nog weinig met het onderwijs.

De situatie veranderde na de encycliek Quanta Cura (1864), waarin Pius IX katholieken opriep voor eigen onderwijs te zorgen. In het zogeheten onderwijsmandement van 1868 namen de Nederlandse bisschoppen deze oproep over en geboden de gelovigen alleen dan van een openbare school gebruik te maken, wanneer er geen katholieke beschikbaar was. Vanaf de jaren 1870 nam het aantal katholieke scholen dan ook toe, ondanks de gebrekkige financiering. Priester-politicus Herman Schaepman en na zijn dood in 1903 Willem Nolens leidden de katholieke parlementsleden in hun strijd voor de gelijke subsidiëring van bijzonder (confessioneel) onderwijs. Hiertoe werd, zij het met flinke tegenzin, zelfs de samenwerking met de gereformeerden onder leiding van Abraham Kuyper gezocht, een verbond dat bekend staat als de Antithese. Aan het einde van de 19e eeuw werd de financiering van het bijzonder (confessioneel) onderwijs geleidelijk aan uitgebreid. Het zou tot 1917 duren voordat bijzonder (confessioneel) onderwijs in de grondwet gelijkgesteld zou worden aan openbaar onderwijs en de feitelijk complete financiële gelijkstelling liet nog enkele decennia op zich wachten. Het effect van deze maatregel was enorm, in de jaren 1950 was ruim 60% van het Nederlandse onderwijs op confessionele leest geschoeid en volgden nagenoeg alle katholieken katholiek onderwijs.

Het zeer uitgebreide onderwijssysteem dat in de 20e eeuw werd opgebouwd had en heeft tot op zekere hoogte nog steeds een min of meer op zich zelf staande katholieke pendant. Naast de scholen en opleidingen zelf ontstond vanaf het eerste kwart van de 20e eeuw een uitgebreid netwerk van samenwerkingsverbanden, vakverbonden en dienstverlenende organisaties. Docenten verenigden zich in vakorganisaties als Sint Lebuïnus en Sint Bonaventura en middelbare scholen vonden elkaar in koepels als de Carmelstichting (Overijssel) en Ons Middelbaar Onderwijs (Noord-Brabant). Op religieus inhoudelijk en didactisch vlak werd het onderwijs onder andere ondersteund door de Nederlandse Katholieke School Raad en het Hoger Katechetisch Instituut.

Ook dit keer bracht een pauselijk decreet verandering: In 1879 spoorde Leo XIII aan tot een katholieke beoefening van de natuurwetenschappen en een hernieuwde belangstelling voor de leer van Thomas van Aquino, het zogenaamde neothomisme. Het neothomisme ging uit van een waarheid, waarin natuurwetenschappen en religie onderdeel uitmaken van een harmonieus geheel. Daarnaast groeide het besef dat de maatschappelijke achterstelling van katholieken deels terug te voeren was op het relatief lage opleidingsniveau. In 1900 waren slechts 2 van de 209 hoogleraren in Nederland katholiek en vormden katholieke studenten slechts 5 procent van de totale populatie (tegen een aandeel van 30 procent op de Nederlandse bevolking). In het eerste kwart van de 20e eeuw zien we dan dat ook het bijzonder middelbaar onderwijs tot bloei komt. Aan bekende instituten als het Ignatiuscollege (1895) en het Canisiuscollege (1900) voor jongens en Fons Vitae (1914) voor meisjes werd een nieuwe elite gevormd, bestemd om de maatschappelijke emancipatie van de Nederlandse katholieke volksdeel te voltooien. Maar ook voor de minder gesitueerden werd het veel makkelijker om na de lagere school een katholieke vervolgopleiding te volgen: de MULO, de latere ULO en het beroepsonderwijs maakten een sterke groei door.

Broeder-, maar vooral zusterorden en congregaties hebben een niet te onderschatten rol gespeeld bij de ontwikkeling van dit onderwijsbestel. In de loop van de negentiende eeuw gingen een aantal orden- en congregaties zich meer en meer toeleggen op de ontwikkeling van het onderwijs. Daarnaast werden, vaak door wereldheren, nieuwe congregaties ten behoeve hiervan opgericht. Voorbeelden van nieuwe congregaties zijn die bekend staan als de Zusters van Liefde te Tilburg (1832) en de Fraters van Tilburg (1844), beide opgericht door de latere aartsbisschop Joannes Zwijsen. Het onderwijs dat door deze congregaties werd gegeven was aanvankelijk van een laag niveau. Met de toenemende subsidiëring van het bijzonder onderwijs in het laatste kwart van de negentiende eeuw werden echter ook de eisen die aan het niveau van de leraren en leraressen werden gesteld strenger. In reactie hierop werden, vaak ook door orden en congregaties, eigen kweekscholen opgericht. De kweekschoolopleidingen leverden niet alleen nieuwe onderwijzers, maar vaak ook nieuwe leden van de congregatie op. Daarnaast hielden enkele broedercongregaties zich bezig met het ontwikkelen en uitgeven van onderwijsmethodes en jeugdlectuur; de uitgaven van de Drukkerij van het RK Jongensweeshuis zijn hiervan wellicht het bekendste voorbeeld. Tenslotte maakte de gelofte van armoede het onderwijzend personeel voor het lange tijd nog ongesubsidieerde katholieke onderwijs, betaalbaar. Zo stond in de jaren 1920 de meerderheid van de katholieke lagere scholen onder leiding van een geestelijke en was bijna veertig procent van de docenten religieus.

Broedercongregaties hielden zich doorgaans bezig met onderwijs en opvoeding van jongens, zustercongregaties met die van meisjes. Anders dan bij de andere zuilen was het katholiek onderwijs, lager en middelbaar, tot in de jaren zestig grotendeels naar sekse gescheiden. Omdat er in Nederland veel meer zuster- dan broedercongregaties actief waren, kwam het met name in Brabant veelvuldig voor dat jongens openbaar onderwijs volgden, terwijl meisjes les kregen van de zusters. Een aanzienlijk gedeelte van het hoger en middelbaar onderwijs gegeven door congregaties vond plaats in kostscholen: de priesteropleidingen in de seminaries, maar ook katholieke gymnasia, Hogere Burger Scholen en beroepsopleidingen waren niet zelden intern.

Omdat de eerste universiteiten in het huidige Nederlands grondgebied pas na de Reformatie werden gesticht, moesten inwoners van de Republiek voor een katholieke universiteit de landsgrens over. Het verlangen naar een eigen universiteit bleef door de eeuwen heen bestaan, maar kreeg pas aan het begin van de 20e eeuw concreet vorm met de oprichting van de Radboudstichting in 1905. Het hoofddoel van deze stichting was de oprichting van een eigen katholieke universiteit. Het duurde evenwel tot 1923 voordat de eerste katholieke universiteit van Nederland in Nijmegen haar deuren opende. De vertragende werking van het behoudende episcopaat, maar ook de aversie van progressieve katholieken die vreesden voor een isolement binnen de Nederlandse samenleving, waren hier onder andere debet aan.

Vanaf het begin heeft de Katholieke Universiteit Nijmegen (KUN) zichzelf als een wetenschappelijk neutraal instituut willen profileren en zij is daar gedeeltelijk in geslaagd. Het katholieke element van de universiteit was met name zichtbaar in ornamenten in gebouwen en het ceremonieel waarmee het curriculum was omkleed. Het onderwijs was daarentegen in zijn algemeenheid wetenschappelijk neutraal en het episcopaat bemoeide zich niet al te veel met de inhoud van het onderwijs en de aanstelling van personeel. Maar geheel onafhankelijk en neutraal was het instituut niet: een aanzienlijk gedeelte van de hoogleraren was geestelijk, bepaalde excessen zijn wel degelijk door de bisschoppen gecorrigeerd en, belangrijker nog, het personeel zorgde er door middel van zelfcensuur wel voor om niet te veel met het episcopaat in conflict te komen.

Midden jaren 1980 mochten hogescholen zich universiteit noemen, waardoor er een aantal katholieke universiteiten bijkwam: de Katholieke Universiteit Brabant, de Katholieke Theologische Universiteit Amsterdam en de Katholieke Theologische Universiteit Utrecht. De laatste twee zijn gefuseerd en uiteindelijk opgegaan in de Tilburg School of Catholic Theology, onderdeel van Tilburg University (voorheen de Katholieke Universiteit Brabant).

Op het Concilie van Trente (1545-1564) werd besloten dat priesters op aparte scholen, seminaries, moesten worden opgeleid en dat ieder bisdom een eigen seminarie moest hebben. De protestantse Republiek werd al spoedig een missiegebied, de Hollandse Zending, en kende als zodanig geen bisdommen meer. Aankomend geestelijken moesten voor hun priesteropleiding dan ook uitwijken naar de Zuidelijke Nederlanden of naar de Duitse gebieden.

Vanaf de Bataafse tijd, ruim 50 jaar voordat de bisschoppelijke hiërarchie werd heringevoerd, werden er grootseminaries in de Noordelijke Nederlanden gesticht. 150 jaar later telde Nederland 47 kleinseminaries (vergelijkbaar met de middelbare school) en 79 grootseminaries van seculieren en regulieren. Hoewel het aantal seminaristen en opleidingen tot aan het begin van de jaren 1960 groeide, bleef de toename achter bij de katholieke bevolkingsaanwas. In het verloop van de jaren 1960-1970 liepen de seminaries in hoog tempo leeg en vele moesten hierop de deuren sluiten. Bisschoppen en ordes besloten de priesteropleidingen te concentreren en verplaatsten deze van de seminaries naar 5 nieuwe katholieke instellingen voor wetenschappelijk theologisch onderwijs (KIWTO’s) en de theologische faculteit van de KUN. In 1974 stichtte bisschop Gijsen van Roermond echter weer een eigen seminarie in Rolduc. De andere bisdommen volgden in de decennia daarna zijn voorbeeld. Na een aantal fusies en reorganisaties bleef er van de KIWTO’s uiteindelijk in 2007 één universitaire opleiding voor het priesterambt over, de eerder genoemde Tilburg School of Catholic Theology.

Waar voor de priesteropleidingen de jaren 1960 een duidelijke breuk vormden, is de ontzuiling van het katholieke onderwijs geleidelijk verlopen. Ontzuiling is in deze context wellicht een verkeerde term. Na de Tweede Wereldoorlog ontstonden er weliswaar samenwerkingsscholen van verschillende gezindten, maar groot in getal zijn deze nooit geweest. Verreweg de meeste scholen bleven hun signatuur behouden. Er kan dan ook beter worden gesproken van secularisatie van het katholiek onderwijs: In de tweede helft van de twintigste eeuw verdwenen vaak beetje bij beetje typisch katholieke elementen uit het onderwijs: een proces dat nog steeds gaande is. Deze ontwikkeling verliep niet overal op dezelfde manier en tempo en heftigheid van de veranderingen verschilden per plaats. Het algemene beeld, van basisonderwijs tot universiteit, is echter het volgende:

Aparte jongens- en meisjesscholen maakten spoedig plaats voor gemengde scholen en kostschoolonderwijs verdween van het toneel. De geestelijkheid bleef echter, zij het in sterk afnemende mate en steeds meer op afstand in bestuurlijke functies, nog tot aan het einde van de twintigste eeuw actief. Vakken als catechese werden meer en meer door leken gegeven en maakten uiteindelijk plaats voor meer brede benaderingen als levensbeschouwing. Misvieringen bij opening en afsluiting van het schooljaar verdwenen geleidelijk aan van de schoolprogramma’s, evenals de onze vaders en weesgegroetjes als omlijsting van de schooldag; schoolfusies leverden neutrale namen op en bij verbouwingen en nieuwbouw keerden de kruisbeelden en andere ornamenten vaak niet terug in de schoollokalen. In de jaren 1980 en 1990 woedde ook in het onderwijs de K-discussie: hoe geven we uiting aan onze katholieke identiteit? Rekening houdend met een grote niet- of andersgelovende leerlingenpopulatie, duiden tegenwoordig katholieke scholen hun identiteit aan met termen als ‘uitgaan van christelijke waarden’ zonder die waarden te benoemen en er concrete voorbeelden van te geven.

Anderzijds is er organisatorisch gezien op zijn minst nog sprake van een restant van de katholieke onderwijszuil: veel scholen en schoolkoepels zijn in naam nog katholiek, de naamswijzigingen van KUN naar Radboud Universiteit en KUB naar uiteindelijk Tilburg University hebben de signatuur van de instellingen niet veranderd, de lerarenvereniging Sint Bonaventura is nog steeds actief en de Vereniging Katholiek Onderwijs herbergt nog veel ondersteunende katholieke onderwijsdiensten.