Meer nog dan door het Tweede Vaticaans Concilie werd de wereld in het laatste jaar van Johannes XXIII beroerd door de dreiging van een wereldoorlog. In oktober 1962 vond de Cuba-crisis plaats. De Sovjet-Unie had nucleaire raketten geplaatst op Cuba en de Verenigde Staten dreigden met militair ingrijpen waardoor de wereld op de rand van een kernoorlog stond. Het jaar daarvoor had de bouw van de Berlijnse Muur ook al tot oplopende internationale spanningen geleid.

Tijdens de Cuba-crisis bemiddelde hij tussen de Amerikaanse president John F. Kennedy en de Sovjet-partijleider Nikita Chroestsjov.

Als gevolg van deze gebeurtenissen schreef Johannes XXIII de encycliek Pacem in terris. Hierin riep hij ‘alle mensen van goede wil’ op om te streven naar ontwapening. Hij richtte zich dus niet, zoals gebruikelijk was, met deze encycliek tot de bisschoppen en de katholieken. In de encycliek brak hij met de leer van de rechtvaardige oorlog: een oorlog die met nucleaire wapens zou worden uitgevochten, kan niet rechtvaardig zijn. Ook wederzijdse afschrikking door dreiging met nucleaire wapens wees hij af. In plaats daarvan moeten volkeren samenwerken over religieuze en ideologische grenzen heen om de vrede te bewaren, aldus Johannes XXIII. Ook sprak hij zich uit tegen racisme en kolonialisme.

Maar de encycliek is meer dan een oproep tot vrede. Het is een van de belangrijkste documenten over de katholieke sociale leer.

Johannes XXIII begon de encycliek met te wijzen op het recht op leven én op een menswaardig bestaan.

iedere mens heeft recht op het leven, op de integriteit van zijn lichaam en op de middelen voor een menswaardig bestaan, vooral op levensonderhoud, kleding, huisvesting, rust, medische verzorging en de noodzakelijke diensten van de kant van de staat. Daarom heeft de mens ook het recht op hulpverlening in geval van ziekte, invaliditeit, verlies van echtgenoot of echtgenote, ouderdom, werkloosheid en telkens, als hij buiten zijn schuld de nodige bestaansmiddelen verliest.

Tot deze rechten behoren ook het recht op vorming naar ieders begaafdheid op vrije meningsuiting en vrijheid van godsdienst, op behoorlijke arbeidsomstandigheden en ook op emigratie en immigratie:

Ook heeft iedere mens het recht op vrij verblijf en vrije beweging binnen zijn eigen politieke gemeenschap; en, als billijke redenen het wenselijk maken, moet hij ook de vrijheid hebben, naar andere landen te emigreren en zich daar te vestigen. Door het feit, dat iemand burger is van een bepaalde politieke gemeenschap, houdt hij niet op, lid te zijn van de mensenfamilie en burger van de universele wereldgemeenschap.

Naast die rechten noemt hij ook plichten, zoals de plicht om samen te werken en om rechten daadwerkelijk tot uiting te laten komen:

Het is bijv. niet voldoende, iemands recht op bestaansmiddelen te erkennen, als men niet tevens naar vermogen tracht, hem deze in voldoende mate te verschaffen.

De paus wees op drie verschijnselen die zich rond 1960 voordeden: de emancipatie van de arbeiders, van de vrouw “Want de vrouw wordt zich steeds meer bewust van haar menselijke waardigheid; zij wil daarom niet langer beschouwd worden als een zielloos wezen of een werktuig, maar eist de rechten en plichten voor zich op van de menselijke persoon, zowel in het gezin als in de maatschappij” en van de voormalige koloniën die in die jaren onafhankelijk werden.

Voor het eerst pleitte de paus voor een vorm van wereldomvattend publiek gezag:

Het universeel algemeen welzijn stelt in onze tijd problemen van mondiale omvang, die alleen maar kunnen worden opgelost door een publiek gezag, uitgerust met een macht, een structuur en met middelen van een eveneens mondiale proportie, en met een activiteit, die zich over heel de wereld uitstrekt. Bijgevolg eist de morele orde zelf de instelling van een publiek gezag met een universele competentie.

De Verenigde Naties en de Universele Verklaring van de Rechten van de Mens zag Johannes XXIII als een stap op weg naar de vorming van zo’n organisatie.