Na zijn wijding wordt Rahner op studie gestuurd naar Freiburg. De oversten hadden voor hem een functie als docent filosofie in gedachten. Hij volgt er colleges bij onder anderen Heidegger en dat heeft grote invloed op hem gehad - helaas ook op zijn taalgebruik, aldus prof.dr. Jozef Wissink. Rahner schreef er een proefschrift over Thomas van Aquino, waarbij hij Thomas interpreteerde op de wijze van Maréchal. Maréchal was een filosoof, die probeerde de Middeleeuwse vragen te bewaren in de wijsbegeerte door ze te interpreteren in het licht van de kenleer van Immanuel Kant. Toen Rahners promotor aarzelde om zijnproefschrift (dat later is uitgegeven onder de titel Geist in Welt) te aanvaarden, werd Rahners bestemming veranderd: hij promoveerde in de theologie op een patristischproefschrift en zo wordt hij in 1937 professor in de theologie, en niet in de filosofie, in Innsbruck.
In 1939 sluiten de Duitsers de theologische faculteit van Innsbruck. Rahner krijgt een baan aangeboden bij het pastoraal instituut van het aartsbisdom Wenen. Zodoende maakt hij ook kennis met de problemen van het pastoraat in de grote stad in de moderne tijd. Later zal dit er waarschijnlijk de oorzaak van zijn, dat hij met anderen een nieuwe aanzet voor de pastoraal-theologie of praktische theologie vindt. Hij is een van de mede-uitgevers geworden van het Handbuch der Pastoraltheologie. Na de oorlog wordt hij weer professor in Innsbruck, daarna in München en Münster. In 1971 gaat hij met emeritaat. Hij heeft inmiddels enkele stevige (wijsgerig-)theologische boeken op zijn naam staan, zoals Hörer des Wortes en Grundkurs des Glaubens. Meestal is hij redacteur en mede-auteur in grotere verzamelwerken, zoals het theologisch woordenboek Sacramentum Mundi, een nieuwe druk van het Lexikon für Theologie und Kirche of de serie Quaestiones Disputatae. Zijn talloze artikelen worden gebundeld in 16 banden Schriften zur Theologie. In 1984 sterft hij te Innsbruck.
Zijn erfenis is omstreden. Aan de ene kant wordt hij door veel theologen (denk aan Schillebeeckx, Grillmeier, Lehmann, Vorgrimler, Congar, Lonergan) vereerd als een soort kerkvader van de 20e eeuw. Negatief-kritische geluiden komen er van mensen als Scheffczyk, Ratzinger en mensen uit de neothomistische hoek.
De fundamentele wending die Rahner in de theologie heeft voltrokken wordt gekenmerkt door de combinatie van een antropocentrische denkvorm met een inhoudelijk theocentrisme. God staat inhoudelijk centraal maar het grondmodel om over werkelijkheid te denken is antropocentrisch. Binnen deze denkvorm bestaat het wezen van de werkelijkheid uit kennen en gekend-zijn. De mens is bedoeld om één te worden met God in liefdevolle gehoorzaamheid, gehoorzame liefde.
Zijn uitgangspunt was niet God of de Kerk die op elke vraag het onfeilbare antwoord is. Hij keerde de vraag om: hoe kan de mens in deze moderne tijd het ondoorgrondelijke geheim van God verstaan? Hoe kan hij 'hoorder van het Woord' worden en hoe kan hij op zijn beurt dat 'Woord' ook nog eens doorgeven? Rahners tegenstanders beschouwen deze theologische Wende van God naar de mens als oorzaak van de verwoesting van Kerk en geloof.
Rahner stelt dat onze menselijke geest op voorhand geschapen is met een gerichtheid op ZIJN. Rahner zegt dat de openheid voor het oneindige als een zekere Befindlichkeit, gestemdheid, onthematisch ervaren wordt. De mens is van nature aangelegd op God, open voor God. Dit besef is onthematisch, omdat dit er allemaal al is, ook als we er niet over nadenken. Rahner noemt God op dit niveau: das heilige Geheimnis. Nu gaat Rahner er met het christelijk geloof van uit, dat God niet slechts de Schepper is die het andere-van-zich het ZIJN geeft, maar dat God ook liefde is, die zich aan ons bekend wil maken, die ons tot gemeenschap met zich toelaat. Het heilige geheim is het geheim van een gastvrije liefde, die de mens in staat wil stellen om boven zichzelf uit te gaan tot eenheid met de ander en ook met de Oorsprong zelf. De christelijke traditie benoemt dit aanbod tot gemeenschap vanouds in termen van genade: God is genadig en doet ons verlangen naar eenheid met hem.
Maar Rahner gaat verder: als God dit al met het scheppen van de mens intendeerde, dan kunnen we misschien ook zeggen dat de transcendentale openheid naar het oneindige bij de concrete door God geschapen mens altijd ook al openheid is naar de genadige God. In Rahners moeilijke terminologie: elk mens bestaat met een ‘übernatürlisches Existential’. Rahner gebruikt de term om uit te drukken, dat de mens ‘zu Gott, der Heil ist, hin ist’.
Deze thesen vormen de achtergrond voor een theologische stellingname, die onder de naam ‘anoniem christendom’ wereldberoemd is geworden. Al sinds de ontdekking van Amerika en Azië in de zestiende eeuw hadden theologen er problemen mee om de oude stelling te onderschrijven dat heidenen naar de hel zouden gaan, omdat ze niet deelden in het zaligmakende geloof in Christus. Tot Rahner erin slaagt om vanuit zijn ideeën over de transcendentale begenadigdheid van de mensheid een bijna onmenselijk wreed godsbeeld te voorkomen en tegelijk de Schriftgegevens over de koppeling tussen geloof en heil recht te doen. Volgens hem beaamt een mens die ‘ja’ zegt op het leven daarmee feitelijk ook de eigen transcendentale openheid naar het oneindig heilige geheim. Daarmee is anoniem en onthematisch God en Zijn liefde beaamd. Je kunt dus een gelovig mens zijn, zonder dat je het weet. Rahner legde hiermee ook een nieuwe basis voor de dialoog met niet-christelijke godsdiensten.
Rahner blijft daarbij overtuigd christen: voor hem is Jezus Christus Gods definitieve zelfopenbaring. Rahner denkt dat alle mensen, wanneer ze Jezus Christus écht ontmoeten uiteindelijk de plicht hebben om in Hem te geloven. Rahner blijft dus een orthodox theoloog, die niets aangaande de openbaring in Jezus Christus, het gezag van de Heilige Schrift en de noodzaak van de Kerk wil ontkennen.
Rahners antropologische insteek bracht hem ook tot zijn stelling dat de mens alleen nog maar gelovig kan zijn als hij tot een echt persoonlijk geloof komt, als hij iets van een mysticus heeft. Daarop sluit zijn these over de noodzaak van mystagogie aan. De Kerk moet haar liturgisch en catechetisch aanbod zo arrangeren, dat ze mensen inwijdt, toegang geeft tot het mysterie zelf van het goddelijk Geheim. Het gaat erom dat mensen sporen van transcendentie in hun eigen leven ervaren, dat de ziel daarbij opspringt en tot de herkenning komt, dat hier hetzelfde Geheim aanwezig en actief is, waarvan ook de Schriften spreken.
De kerk is gemeenschap van mensen, die steeds mondiger worden. Dat vraagt om een niet-klerikale, dienende kerk. En om een kerk die de condities van het moderne leven goed kent en het evangelie zo weergeeft en doordenkt dat het voor die moderne mens tot een bevestiging, uitdaging, troost en kritiek wordt. Als de kerk gewoon mechanisch hetzelfde blijft repeteren, wordt ze onbegrijpelijk voor mensen. In Rahners reeds genoemde Handbuch der Pastoraltheologie leidt dat tot de bekende definitie van praktische theologie als wetenschappelijke hulp ten dienste van een authentieke zelfrealisering van de Kerk in de context van de actuele wereld.