De kardinalen kozen na het overlijden van paus Pius XI op 10 februari 1939 voor continuïteit: Pacelli was als staatssecretaris een naaste medewerker van de overleden paus. Het conclaaf duurde niet langer dan een dag. Dat de nieuwe paus als naam Pius XII koos was dan ook niet meer dan logisch. Toch was hij geen kopie van zijn voorganger. Pius XII was vooral diplomaat en de bijbehorende omzichtigheid was typerend voor zijn manier van optreden. Zijn diplomatieke ervaring voor een belangrijk deel in Duitsland opgedaan: van 1917 tot 1930 was hij daar nuntius geweest. Daarna werd hij staatssecretaris van het Vaticaan.
Zijn eerste encycliek, Summi pontificatus, was gebaseerd op een ontwerp waaraan hij nog met Pius XI had gewerkt. De encycliek ging over de eenheid van de wereldbevolking en over de gezamenlijke oorsprong van alle mensen als beeld van God, maar er ontbrak een expliciete verwijzing naar de gevaren van totalitaire regimes zoals Nazi-Duitsland. Pius XI had die er wel in willen verwerken, maar de diplomaat Pius XII hield zich op de vlakte, zoals hij in de volgende jaren vaker zou doen.
Pius XII riep in 1939, toen de internationale spanningen opliepen, herhaaldelijk op tot het vermijden van een oorlog. Nadat in september 1939 de Tweede Wereldoorlog was uitgebroken en de nazi’s in Duitsland en in de bezette gebieden overgingen tot het vervolgen van de joden protesteerde hij daar niet openlijk tegen, hoewel hij ervan op de hoogte was. Dat is hem op veel kritiek is komen staan.
Zijn grote vrees was dat zulke uitspraken represailles tegen de katholieken in Duitsland zouden uitlokken. Toen Duitse troepen in september 1943 Rome bezetten, kwam daar het gevaar bij dat ze ook het Vaticaan zouden binnentrekken en de paus gevangen zouden nemen. Inderdaad probeerden de Duitsers naar een aanleiding te vinden om hiertoe over te gaan. De Gestapo zocht naar aanwijzingen dat de paus betrokken was bij anti-Duitse activiteiten, zoals hulp aan joden. Als ze die bewijzen zouden vinden, konden de Duitsers aantonen dat het Vaticaan niet meer neutraal was en daarmee zouden ze dan een aanleiding hebben om het Vaticaan binnen te vallen. Daarom hield Pius XII in het openbaar vast aan zijn neutraliteitspolitiek.
Duidelijker dan tegen het nationaal-socialisme heeft Pius XII zich uitgesproken tegen het communisme. In 1949 verbood hij katholieken om zich bij communistische organisaties aan te sluiten. Vanaf het begin van de Russische revolutie in 1917 waren kerken in de Sovjet-Unie gesloten en werden geestelijken vervolgd. Bovendien ging de communistische opvatting over de klassenstrijd tussen arbeiders en ‘kapitalisten’ regelrecht in tegen de sociale leer van de Kerk die naar verzoening streefde.
In theologisch opzicht was Pius XII behoudend. Hij kantte zich tegen de Nouvelle théologie, een stroming die in zijn tijd binnen de theologie opkwam en die later veel invloed zou hebben tijdens het Tweede Vaticaans Concilie. In de encycliek ‘Humani generis’ veroordeelde hij een aantal opvattingen van aanhangers van deze theologie. In zijn defensieve houding tegenover de moderne wereld, sloot hij aan bij de mentaliteit van eerdere pausen zoals Pius X. Voor hem was de buitenwereld een bedreiging en was de Paus de rots waaromheen de gelovigen zich terugtrokken om zich tegen de dreiging van de wereld te verdedigen.
Als enige paus tot nu toe heeft Pius XII een onfeilbare uitspraak gedaan: in 1950 kondigde hij het dogma van de Tenhemelopneming van Maria af.
Pius XII stelde zich nog op het standpunt dat het streven naar eenheid onder de christenen slechts inhield dat alle christenen zich zouden verenigen in de rooms-katholieke Kerk. Daarom ook trad de rooms-katholieke Kerk niet toe tot de Wereldraad van Kerken. Volgens Pius moest de oecumenische beweging er uiteindelijk toe leiden dat alle christenen verenigd zouden worden in de rooms-katholieke Kerk en niet in een raad die alle kerken, dus ook de rooms-katholieke, overkoepelde.
Ondanks zijn introverte karakter was Pius XII zich bewust van het belang van televisie als nieuw communicatiemiddel. Hij maakte de H. Clara tot patrones van de tv.
In het Vaticaan zelf raakte hij tot eigen toedoen steeds meer in een isolement. Hij vertrouwde op een kleine kring van vertrouwelingen, waartoe ook zijn huishoudster en zijn lijfarts hoorden. Zelden raadpleegde hij kardinalen die niet tot de curie behoorden, laat staan andere bisschoppen. Wie verdacht werd van ‘liberale’ ideeën, werd uit het Vaticaan weggepromoveerd. Het overkwam zelfs Giovanni Battista Montini, die een naaste medewerker was van Pius XII maar die totaal onverwacht tot aartsbisschop van Milaan werd benoemd, zonder dat hij daarna kardinaal werd. Dat was een duidelijke terechtwijzing. Montini desondanks door Johannes XXIII tot kardinaal worden gecreëerd en zelfs tot paus worden gekozen. Hij nam de naam Paulus VI aan.
Geen paus is op dit moment meer omstreden dan Pius XII. Oorzaak is de verdeeldheid over zijn houding tijdens de Tweede Wereldoorlog: had hij zich krachtiger moeten uitlaten of heeft hij juist het maximale gedaan om de joden te helpen.
Daarbij wordt uit het oog verloren dat Pius XII bij zijn overlijden in 1958 alom werd geprezen voor zijn inzet voor de wereldvrede en voor zijn hulp aan de joden. Het dagblad ‘Het Parool’, destijds een landelijke krant van socialistische signatuur schreef: “De persoonlijkheid van Pius XII, zijn grote diplomatieke gaven en ervaring, zijn meer dan gewone talenkennis en zijn scherpzinnig inzicht in allerlei moderne maatschappelijke problemen hebben het pausdom een prestige gegeven en een aanzien, dat zelden in de geschiedenis zo groot zal zijn geweest ook al is dan de wereldlijke macht van het pausdom sedert de middeleeuwen tot nauwelijks meer dan een symbool teruggebracht.”
The New York Times bracht bij het overlijden van Pius XII een speciale bijlage uit waarin talloze Amerikaanse joden de paus hulde brachten voor de hulp die hij hen tijdens de Tweede Wereldoorlog had verleend.
Vanaf 1963 veranderde die houding van de publieke opinie. In dat jaar ging het toneelstuk ‘Der Stellvertreter’ van de Duitse schrijver Rolf Hochhuth in premiere. Een van de aannames hierin is dat Hitler de invloed van de paus vreesde en dat een uitspraak van hem tegen de vervolging van de joden Hitler zou kunnen dwingen om deze stop te zetten. Pius XII weigerde echter zo’n uitspraak te doen omdat hij het communisme gevaarlijker vond en hij Duitsland als een anti-communistisch bolwerk zag.
Zijn houding tijdens de Tweede Wereldoorlog blijft een onderwerp van discussie, maar de opvatting dat hij antisemiet zou zijn of sympathie had voor de nazi’s missen elke grond. Er zijn diverse bewijzen dat Pius XII inderdaad hulp heeft geboden aan de joden in Italië.
Het proces dat moet leiden tot zijn zaligverklaring is onder paus Paulus VI (1965–1978) ingezet, maar de controverse rond zijn persoon maakt deze zaligverklaring tot een zaak die het uiterste van de diplomatie van het Vaticaan zal vergen.
De kwestie rond de houding van Pius XII tijdens de Tweede Wereldoorlog heeft een enorme hoeveelheid literatuur opgeleverd. Een goed overzicht hiervan is te vinden in het artikel over Pius XII op de Nederlandse versie van Wikipedia. Het is kennelijk gebaseerd op het goed gedocumenteerde en zeer uitvoerige artikel in de Engelstalige versie van Wikipedia.
Hoewel de controverse voortduurt, heeft de voortdurende discussie geleid tot een meer genuanceerde visie — in ieder geval in wetenschappelijke kringen — op de rol van Pius XII tegenover het nationaal-socialisme en de jodenvervolging.
In 2012 veranderde Jad Vasjem, het museum en herdenkinkgscentrum over de Holocaust de tekst over Pius XII. De veranderingen weerspiegelen de nuanceringen die het wetenschappelijk onderzoek over hem heeft opgeleverd.
De oorspronkelijke tekst luidde dat Pius XII in 1933 als staatssecretaris van het Vaticaan een concordaat had gesloten met Nazi-Duitsland om zo de rechten van de rooms-katholieke Kerk in Duitsland te beschermen, ook al betekende dit het erkennen van het racistische Naziregime. Deze laatste zinsnede over de erkenning van het regime van Hitler is in de nieuwe versie weggelaten.
Vervolgens is een nieuwe passage opgenomen waarin erop wordt gewezen dat er nog steeds onenigheid is onder de wetenschappers over de reactie van Pius XII op de Holocaust. Enkele zinnen waarin wordt gesteld dat de paus bij bepaalde gelegenheden niet tegen de jodenvervolging protesteerde, zijn verwijderd of genuanceerd. Zo werd bijvoorbeeld de zin “Toen de Joden uit Rome werden gedeporteerd naar Auschwitz, kwam de paus niet tussenbeide” veranderd in: “Toen de Joden uit Rome werden gedeporteerd naar Auschwitz, protesteerde de paus niet in het openbaar.”
Aan het einde van de tekst worden de verschillende standpunten samengevat. De critici van de paus zeggen dat zijn zwijgen over de moord op de joden een morele fout was: het gaf katholieken een vrijbrief om te collaboreren met de Nazi’s. Katholieken die zich wel verzetten, wisten zich niet gesteund door de paus.
Daartegenover wordt het standpunt verwoord dat een openbare veroordeling van de Nazi’s door de paus alleen zou hebben geleid tot een intensievere vervolging van de rooms-katholieke Kerk waardoor geheime operaties om joden te redden in gevaar zouden zijn gebracht.
De tekst besluit als volgt: “Totdat al het relevante materiaal beschikbaar is voor wetenschappelijke studie, zal dit onderwerp open blijven voor verder onderzoek.”