De meeste mensen associëren heksenvervolging en heksenverbranding met de ‘donkere’ middeleeuwen. Bovendien bestaat bij veel mensen de indruk dat de kerk, en met name de inquisitie, gedurende deze periode systematisch op zoek was naar heksen en heksenmeesters, en dat de kerkelijke heksenjagers verdachten martelden totdat deze een bekentenis aflegden, waarna ze door de inquisiteur tot de brandstapel werden veroordeeld. Sommige mensen leggen met nadruk verband tussen heksenvervolgingen en de katholieke kerk. Weer anderen beschuldigen de kerk van een misogyne agenda achter de heksenjacht, en zien in het werk van de inquisitie een poging de relatieve machtspositie die ‘wijze vrouwen’ in plaatselijke geloofsgemeenschappen innamen vanwege een grote kennis van alternatieve geneeswijzen, teniet te doen. Zij spreken over miljoenen slachtoffers tijdens wat zij ‘de tijd van de verbrandingen’ noemen. Deze standpunten lijken echter niet te rijmen met de resultaten van een objectief, wetenschappelijk onderzoek van historische bronnen.
Tijdens het einde van de twaalfde en begin van de dertiende eeuw hield de kerk zich bezig met het opsporen en vervolgen van ketterijen. Hiertoe werd in 1184 eerst de episcopale inquisitie opgericht, gevolgd door de pauselijke inquisitie in de jaren dertig van de dertiende eeuw. De creatie van deze inquisities was een directe reactie op de dreiging van de Katharen in Zuid Frankrijk, en de Waldenzen in Noord Italië. De inquisitie hield zich echter niet bezig met hekserij, aangezien het geloof in de realiteit van (kwade) magie zelf nog als ketters werd gezien. Er bestond dus geen enkele (kerk)juridische aanleiding om vermeende heksen of heksenmeesters te vervolgen. Dit veranderde echter in 1326, toen Paus Johannes XXII de inquisitie opdroeg hekserij te vervolgen als dwaalleer. Met deze pauselijke beslissing ontstond de juridische grondslag van de heksenvervolging. Hieruit valt af te leiden dat het jaar 1326 als vroegste beginpunt voor de periode van de heksenvervolging gezien moet worden. Dit leidde echter nog niet meteen tot een groot aantal rechtszaken. Het zou nog tot het einde van de viertiende en het begin van de vijftiende eeuw duren voordat de vervolging van heksen een heksenmeesters een reguliere taak van de inquisitie werd. Dit is de tevens de periode waarin in Italië de renaissance aanvangt. De heksenvervolgingen zijn dus eerder een karakteristiek fenomeen van de vroege Moderne tijd dan van de middeleeuwen.
Het fenomeen van de heksenjacht heeft zijn oorsprong in de streek die momenteel het Zuid-Oosten van Frankrijk, het Westen van Zwitserland en de Westelijke Alpen van Italië beslaat. Langzaam verspreidden de heksenvervolgingen zich over het Noorden van Italië, door heel Zwitserland en zelfs tot in het Zuiden van Duitsland, waar van 1431 tot 1437 het Concilie van Basel gehouden werd. Op dit concilie, waar een groot aantal heksenjagers aanwezig was, werd uitgebreid gesproken over hekserij en de vervolging hiervan. Het concilie gaf een impuls aan de heksenvervolgingen, die zich over het gehele Heilige Roomse Rijk (inclusief de Lage Landen) verspreidden. Aan het einde van de vijftiende eeuw werd zelfs een handboek gepubliceerd door de Dominicaan Heinrich Kramer, waarin hij de methoden voor het opsporen en berechten van heksen uiteen zette. Dit boek, getiteld Heksenhamer (Malleus Maleficarum, zie ook het Lucepedia artikel), bevatte de pauselijke bul Summis desiderantes affectibus, die in 1484 door Paus Innocentius VIII was gepromulgeerd, en waarin de paus het bestaan van heksen bevestigde en hij opdracht gaf hekserij op te sporen en uit te roeien, met alle mogelijke middelen. Heinrich Kramer is grotendeels verantwoordelijk voor het idee dat vooral vrouwen zich inlaten met hekserij vanwege zijn standpunt dat vrouwen zich gemakkelijker en gewilliger laten inpalmen door de Duivel. Hoewel de kerkelijke autoriteiten het boek in 1490 al als verwerpelijk aanmerkte en het vervolgens op de lijst van verboden werken plaatste, verspreidde de Heksenhamer zich toch in grote aantallen over Europa, onder meer door de net uitgevonden boekdrukkunst. Het boek werd populair als handboek voor seculiere rechtbanken, maar werd door de inquisitie niet gebruikt.
De Reformatie en de daarop volgende religieuze conflicten in Europa gaven de heksenvervolgingen een nieuwe impuls. Zowel in katholieke als in protestantse gebieden streefde men naar een zo zuiver mogelijk geloof. De heksenvervolgingen bereikten zodoende vanaf omstreeks 1580 tot 1630 een hoogtepunt: in geen enkele andere periode werden zoveel vermeende heksen en heksenmeesters vervolgd en veroordeeld. De meest uitgebreide processen tegen heksen concentreerde zich in deze periode vooral in Duitsland, waar het conflict tussen katholieken en protestanten was uitgelopen tot een ware godsdienstoorlog. Vaak werden de heksenprocessen gevoerd in pas veroverde of heroverde gebieden, en zij wijzen op een tendens om in religieus opzicht schoon schip te willen maken. Ook in de rest van Europa werden in deze periode heksen vervolgd, echter niet op de schaal van de heksenjacht in Duitsland.
Tijdens de tweede helft van de zeventiende eeuw doet zich het volgende fenomeen voor: in de gebieden waar de heksenvervolgingen waren opgekomen en waar zij zich in eerste instantie naar hadden verspreid, begint de heksenjacht af te nemen. Juist aan de randen van Europa, waar heksen pas sinds korte tijd werden vervolgd, worden grootschalige heksenprocessen gehouden. Hierbij valt meteen op dat het vooral protestantse geloofsgemeenschappen zijn die nog op zoek zijn naar heksen, terwijl in de vorige eeuw in Duitsland vooral katholieke gemeenschappen en autoriteiten zich bezig hielden met heksenvervolgingen. Voorbeelden zijn de heksenprocessen in Zweden in 1675 (Lutherse kerk) en de beruchte heksenvervolging door Puriteinen in Salem, Massachusetts (toen nog een Britse kolonie). In het begin van de achttiende eeuw nemen de heksenvervolgingen geleidelijk af, zodat er vanaf 1750 nog slechts van sporadische heksenvervolgingen kan worden gesproken. De laatste bekende processen tegen vermeende heksen of heksenmeesters vinden plaats omstreeks 1830. Echter, in 1863 werd een man in Engeland nog gelyncht door een woedende menigte nadat hij ervan was beschuldigd een huis te hebben betoverd. Het is hier echter niet van toepassing om over heksenvervolging te spreken.
