Op 8 mei 1521 werd in Nijmegen, in het gezin van burgemeester Jacob Kanis en apothekersdochter Jelis van Houweningen, een tweede kind en eerste zoon geboren: Peter. Op dezelfde dag werd te Worms een keizerlijke verordening uitgevaardigd, waarin de stellingen van de augustijner monnik Martin Luther als onrechtzinnig werden veroordeeld. Ruim twee weken later raakte de avontuurlijke Baskische ridder Iñigo de Loyola te Pamplona zwaar gewond in de oorlog tussen keizer Karel V en de Franse koning Frans I.

Petrus Kanis was vijf jaar oud toen zijn moeder overleed. Vader Jacob vond voor zijn kinderen een tweede moeder in Wendel van den Bergh, die hem nog twaalf kinderen baarde. De jonge Peter was in die jaren 'een ongetoomd veulen of dartel jong rund', zoals hij later van zichzelf zou getuigen, maar tevens was hij geneigd tot gebed en gevoelig voor de invloed van inspirerende mensen, die hij in en buiten Nijmegen ontmoette. Een van hen was zijn oudtante Reinalda van Eymeren uit Arnhem, schrijfster van het wereldberoemde mystieke werkje De Evangelische Peerle. Zij voorspelde hem in 1534, dat hij eens zou intreden in een nieuwe orde van priesters, gesticht ter hervorming van de Kerk. Het was hetzelfde jaar, dat op de Montmartre te Parijs zeven vrienden de Sociëteit van Jesus stichtten.

Na zijn vorming aan de Latijnse School te Nijmegen werd Peter, vijftien jaar oud, door zijn vader naar Keulen gestuurd voor verdere studie. In die periode was de Oisterwijkse priester Claes van Esch als een vader voor hem. Jacob Kanis echter zag in zijn zoon een toekomstige jurist, en liet hem om die reden rechten studeren te Keulen en Leuven. Tevens had hij al een rijke vrouw voor hem op het oog. Maar Peter voelde zich meer getrokken tot het religieuze leven, en had een gelofte afgelegd om ongehuwd te blijven omwille van het Koninkrijk van God. Daarom begon hij zijn theologische studies, nadat hij in 1540 tot doctor in de wijsbegeerte was gepromoveerd.

In die tijd verscheen ook voor het eerst een jezuïet op Duitse bodem, de 37-jarige Pierre Favre uit Savoye. De Nijmeegse student reisde naar Mainz, waar Favre zich toen bevond, en deed er gedurende een maand de Geestelijke Oefeningen om helderheid te krijgen over zijn levenskeuze. 'Ik kan nauwelijks zeggen, hoezeer mijn ziel en zintuigen hierdoor veranderd zijn, hoe mijn geest verlicht is door de stralen van de hemelse genade, en hoe ik me met nieuwe energie bezield voel. Het lijkt wel alsof ook mijn lichaam door de overvloed van Gods weldaden wordt overstroomd en ik in een nieuwe mens ben veranderd,' schreef Petrus hierover. Op zijn 23e verjaardag werd Petrus Canisius opgenomen in de Sociëteit van Jezus door Pierre Favre, die hij zijn tweede vader noemde.

Binnen een maand nadat Peter Kanis als eerste Nederlander jezuïet was geworden, verscheen zijn kritische uitgave van de werken van zijn lievelingsschrijver Johann Tauler, de praktisch aangelegde Duitse mysticus. Canisius - zo noemde hij zich sinds enige tijd - vormde met acht andere jezuïeten een sober levende gemeenschap in Keulen, waar zij echter door stadsbestuur en aartsbisschop met lede ogen werden bezien. Hij studeerde theologie, legde het Mattheüs-evangelie uit, preekte en bereidde de Latijnse uitgave voor van alle geschriften van Cyrillus van Alexandrië en Paus Leo de Grote, die in 1546 en 1547 het licht zagen. 

Al die ervaringen waren een goede voorbereiding op de priesterwijding, die hij in juni 1546 ontving. Kort daarna reisde hij naar zijn geboortestad om er de last van zijn vermogen van zich af te schudden, ten gunste van arme Gelderse kloosters, behoeftige studenten van het Nijmeegse fraterhuis en de Keulse kartuizers. In die jaren werd de jonge veelbelovende man ingezet op verantwoordelijke posten, zoals voor twee audiënties bij de keizer om te pleiten voor maatregelen tegen de onbekwame Keulse aartsbisschop, die spoedig erna werd afgezet. Kardinaal Otto Truchsess van Augsburg vroeg de Nijmeegse theoloog om als zijn adviseur deel te nemen aan het Concilie van Trente.

Ignatius van Loyola wenste hem echter langzamerhand bij zich in Rome om zelf de laatste hand te leggen aan zijn definitieve vorming. Ofschoon de situatie in Duitsland Ignatius zeer ter harte ging, had hij Canisius elders nog harder nodig, en wel als leraar in een college, dat in april 1548 te Messina op Sicilië geopend zou worden. Het zou voor korte duur zijn, want ruim een jaar later was Peter weer in Rome terug om er zijn laatste geloften af te leggen en een nieuwe zending te ontvangen. In oktober 1549 reisde Petrus Canisius naar Duitsland, nadat hij aan de universiteit van Bologna zijn doctorstitel in de theologie had verworven.

Met twee medebroeders reisde Canisius naar Ingolstadt om er op verzoek van hertog Wilhelm IV van Beieren de verlopen universiteit nieuw leven in te blazen. Door hun inzet verviel de theologische faculteit aldaar niet verder, en kon zelfs lang¬zamerhand weer aan betekenis winnen. Het is dan ook niet verrassend, dat hij in oktober 1550 tot rector van de universiteit werd gekozen. Inmiddels had hij steun gekregen van een andere Nederlandse jezuïet, Nicolaes Florensz uit Gouda, samen met wie hij 'de hele machine' van de universiteit draaiende hield, zoals Franciscus Xaverius in het verre India te horen kreeg. Elders was de situatie van Kerk en onderwijs minstens even zorgelijk als in Ingolstadt. In Beneden-Oostenrijk waren er 250 parochies zonder priester. De universiteit van Wenen verkeerde in een bedroevende toestand, en het college dat de jezuïeten er in 1551 begonnen waren, had dringend behoefte aan uitbreiding van het lerarenkorps. Roomskoning Ferdinand wist van de paus gedaan te krijgen, dat deze de twee paters uit Ingolstadt in april 1552 naar Wenen zond. 

Zij gaven onderricht aan de universiteit, vaak slechts voor een handvol of in het geheel geen toehoorders. In en rondom Wenen preekten zij in kerken, kloosters en aan het hof; en gaven geestelijke begeleiding aan studenten, zusters, soldaten en pestlijders. In 1555 verbleef Canisius te Praag om ook daar een college te stichten. Even dreigde aan al deze vormen van apostolaat een einde te komen, toen Canisius door zijn oom Burchard van den Bergh werd voorgedragen als nieuwe bisschop voor het Weense bisdom. Maar dankzij een zeer intensieve actie van met name Ignatius te Rome, kon het gevaar bezworen worden, ook tot grote opluchting van Canisius zelf.

Tegen de kleurige achtergrond van het werk in Wenen, werd het plan geboren om een catechismus te schrijven, in de eerste plaats bestemd voor studenten, die een zeer beperkte kennis hadden van hun eigen geloofstraditie. De bedoeling van het boekje zou zijn 'om op een zachte manier hen die gevallen zijn op te richten, en hen die dwalen terug te voeren tot de goede weg'. Het was een zware opgave, waaraan Canisius ook 's nachts werkte. Hij voelde zich 'als een vrouw in barensnood'. Maar vanaf het ogenblik dat het boekje in april 1555 verscheen in een oplage van vierduizend exemplaren, was het een bestseller. Zoals de schrijver in zijn leven actie en contemplatie in zich had verenigd en zich voor geloof en gerechtigheid had ingezet, zo rustte zijn boekje op de peilers van wijsheid en gerechtigheid, naar een uitdrukking bij Jezus Sirach. Daartussenin plaatste hij hoofdstukken over de sacramenten, de Tien Geboden en het Onze Vader. In 211 vragen en antwoorden werd de geloofsleer uiteengezet, beknopt, zakelijk, in Bijbelse termen, en zonder ook maar ergens polemisch te zijn. 

Binnen de Sociëteit van Jezus werd Petrus Canisius hogelijk gewaardeerd. Op 7 juni 1556 benoemde Ignatius, anderhalve maand vóór zijn dood, hem tot eerste Provinciale Overste van de jezuïeten in 'Germania Superior', dat wil zeggen: Bohemen, Oostenrijk, Beieren en Opper-Duitsland.

Wanneer men deze zeer druk bezette periode van bijna veertien jaar overziet, waarin Canisius een gebied bereisde dat reikte van Nijmegen tot Rome, en van Freiburg im Breisgau tot Piotrków in Polen, dan kan men vier lijnen trekken, waarlangs zich zijn werkzaamheden ontwikkelden: leider, raadgever, herder en schrijver.

Petrus Canisius was 35 jaar oud toen hij de verantwoordelijkheid kreeg te dragen voor de jezuïeten van de Opperduitse Provincie. De Sociëteit van Jesus, die bij de dood van haar stichter ongeveer duizend leden telde, was een vitale, zeer internationaal samengestelde gemeenschap, waarop van vele kanten een beroep werd gedaan. Een van de beste manieren om een verbetering te brengen in de op veel plaatsen zorgelijke situatie was een goede vorming van de jeugd te garan¬deren. Omwille daarvan zette Petrus Canisius de eerder begonnen ontwikkeling voort van de collegestichtingen: München (1559), Innsbruck (1562), Dillingen (1563) en Würzburg (1567).

Maar niet alleen als organisator, die soms tot vervelens toe bleef hameren op de noodsituatie in zijn Provincie, ook als religieuze overste leidde Canisius zijn onderdanen, krachtdadig en openhartig. Hij riep zijn onderdanen telkens op tot een volledige inzet: 'Iedere maand moeten wij met zulk een ijver beginnen en met zulk een ijver doorbrengen, al was het de laatste maand die ons hier op aarde gegund werd.' 

Een tweede manier om de situatie te verbeteren was om bij belangrijke bijeenkomsten met kerkelijke en wereldlijke leiders onverkort het eigen standpunt op waardige wijze naar voren te brengen. In 1557 nam hij deel aan het godsdienstgesprek te Worms, waar van de twaalf katholieke deelnemers er liefs zeven Nederlandse theologen waren. Als theologisch adviseur nam hij ook deel aan de Poolse landdag te Piotrków (1558), de rijksdagen te Augsburg (1559 en 1566), en het Concilie van Trente (1562), na afloop waarvan hij als pauselijk gezant de conciliebesluiten aan de Duitse bisschoppen moest gaan overbrengen.

Ook al zijn enkele door Petrus Canisius destijds met vuur verdedigde opvattingen - zoals betreffende heksen, oecumene en communie onder twee gedaanten - tegenwoordig niet meer houdbaar, toch heeft zijn grondhouding de tand des tijds glansvol doorstaan. Hoe vanzelfsprekend die grondhouding thans ook lijken mag, in zijn eigen jaren was zij uitzonderlijk. In één adem bekende Canisius eigen tekort en respect voor de ander. Wie een van beide over het hoofd zag, kreeg van hem onverbloemd de waarheid te horen. 

Deels in het verlengde van zijn activiteiten als theologisch raadsman lag het publiceren van talrijke geschriften, zowel van eigen als van andermans hand, met de nadruk op boeken die de persoonlijke vroomheid zouden kunnen stimuleren. In al die jaren was Canisius ook met hart en ziel predikant, die zijn toehoorders wist te boeien door helderheid van stijl en een krachtige, warme wijze van zich uitdrukken. Vooral in de kathedraal van Augsburg stond hij talloze malen op de kansel. Daar en elders bracht hij ook vele uren door in de biechtstoel, en begeleidde hij menigeen in de Geestelijke Oefeningen.

Aan zijn ongewoon lange ambtsperiode als Provinciale Overste zag Petrus Canisius een einde komen, doordat men hem voor een andere taak nodig had. Sinds 1559 waren er te Maagdenburg lijvige boekwerken verschenen, waarin een team van protestantse auteurs de geschiedenis van de Kerk eeuw voor eeuw beschreef volgens hun inzichten. Deze 'Maagdenburger Centuriën' vroegen om een weerlegging van katholieke zijde, schreef Canisius aan zijn Algemene Overste te Rome. Deze beaamde volmondig het advies, maar wist niemand voor te dragen die voor die taak meer geschikt was dan Canisius zelf. Met een ijver die anderen meer dan eens zorgen baarde zette Canisius zich aan zijn taak, waarvoor hij naar Dillingen was verhuisd. 

In 1571 werd hij overgeplaatst naar Innsbruck, waar hij zijn schrijven moest combineren met het ambt van hofpredikant. Opnieuw werd hij regelmatig uit zijn werk gehaald, onder meer om als geheim pauselijk gezant bij de vorsten van Tirol en Beieren en bij de aartsbisschop van Salzburg advies in te winnen over de middelen, waarmee de Kerk in die streken het meest gebaat zou zijn. Canisius werd gevraagd om de pauselijke afgevaardigde als raadsman te vergezellen op de rijksdag te Regensburg in 1576. Een zeer uitvoerig adviesrapport over de Kerk in Duitsland, bij die gelegenheid opgesteld, vormt de neerslag van Canisius' rijke ervaring, die hij gedurende meer dan dertig jaar had opgedaan.

Korte tijd later verhuisde hij naar Ingolstadt om er eindelijk het werk over Maria te voltooien, dat dubbel zo dik was als het deel over Johannes de Doper. Met behulp van talloze citaten, zelfs van Luther en andere andersdenkenden, componeerde hij daarin een machtig loflied op de moeder van Jezus. Hierna werd het project gestaakt. De Provinciale Overste wenste Canisius als metgezel tijdens zijn visitatiereis langs de jezuïetenhuizen in Zuid-Duitsland, een reis die drie jaar in beslag zou nemen.

Niet alleen het schrijven vergde veel van Canisius' geduld in deze jaren. Ook het uiterst moeizame herstel van de hem dierbare Kerk en de strijd om het ware geloof, waarin verwanten in Nijmegen en vele vrienden elders verwikkeld waren, vroegen veel van hem. 

Omdat de pauselijke gezant wenste dat de jezuïeten in Fribourg een college zouden beginnen, en omdat de oorspronkelijk aangezochte personen verhinderd waren, werd de bijna zestigjarige Canisius met deze taak belast. Het zou zijn laatste grote opdracht worden, die hem vanaf november 1580 nagenoeg definitief zou binden aan de Zwitserse stad. Het ontbrak Canisius niet aan goede wil voor deze stichting, maar wel aan de nodige bekwaamheid, meenden zijn medebroeders. Hij was te geleerd, te beschouwelijk van geest, en zijn financiële beleid was weinig succesvol. Binnen twee jaar werd hij dan ook als overste vervangen.

Doordat Canisius steeds minder werd ingeschakeld bij zakelijke aangelegenheden, kreeg hij gelegenheid om uitdrukkelijker de diepere lagen van zijn leven en de wortels van zijn vroomheid ter sprake te brengen, zowel in het geschreven als in het gesproken woord. Nu hij niet langer in het heetst van de strijd stond, maar kon leven in de luwte, kwam duidelijker dan tevoren aan het licht, wat hem al die jaren gaande gehouden had. Hij sprak als iemand die doordrenkt was van de Schrift en de tradities; dat was zijn kracht. De trouw aan het oorspronkelijke ideaal liep als een rode draad door zijn leven. Echt originele visies zal men bij Canisius vergeefs zoeken. Wat bij hem opvalt is, dat hij binnen een verziekte Kerk gebleven is, zonder cynisme, maar met mildheid en liefde. Ten aanzien van andersdenkenden had hij de volgende houding: 'Wij zullen er verstandig aan doen ons te gedragen als een voorzichtig en bekwaam geneesheer bij de behandeling van een vriend, die buitengewoon ernstig ziek is. Al wat hij weet van zijn vak, al wat hij kan, past hij zorgzaam toe en probeert hij. Dag en nacht studeert hij en geeft hij zich moeite. Maar de uitslag, de genezing laat hij over aan de schepper der natuur, aan de Heer, van het heil der mensen, aan God.'

 

Telkens opnieuw trachtte Canisius bij te dragen zowel tot bekering 'in de diepte' als tot bekering 'in de breedte'. Het versterken van de fundamenten van het eigen geloof was voor hem even belangrijk als de verdere verbreiding van de blijde boodschap. Juist die visie sprak hij duidelijk uit in een zeer uitvoerige brief aan zijn Algemene Overste in Rome van januari 1583, waarin zijn ervaring van veertig jaar apostolisch werken weerspiegeld staat. Het hoofdaccent lag op begrip en goedheid voor de medemens. En het is tekenend, dat hij zijn oordeel over de wantoestanden binnen de Kerk scherper verwoordde dan de passages die betrekking hebben op de andersdenkenden. 

Langzaam maar zeker voelde Canisius zijn krachten afnemen. Na een zware beroerte in 1591 diende hij zich steeds meer te ontzien. Drie jaar later kon hij het huis niet meer verlaten, en vanaf 1596 was hij voorgoed aan zijn kamer gebonden. In juli 1597 openbaarde zich bij Canisius waterzucht, en later kwam daar nog slijmvliesontsteking bij. In de ochtend van 21 december van dat jaar ontving hij de communie. Om kwart voor vier 's middags overleed hij in alle rust, in aanwezigheid van zijn huisgenoten en enkele anderen. De volgende dag werd hij met grote pracht begraven in de Nicolaaskerk. Het graf vóór het hoogaltaar werd afgedekt met een eenvoudige marmeren steen. Vlakbij werd een gedenkplaat aangebracht, waarop in het Latijn het leven en werken van Petrus Canisius beschreven stonden, eindigend met de woorden: 'Hij was steunpilaar van het katholieke geloof in zijn tijd, zeer vermaard in heel de christelijke wereld door zijn geloof, zijn bezonnenheid, zijn onvermoeibare werk als schrijver, zijn onophoudelijke versterving, zijn ernst, zijn zuiverheid van hart; en hij schitterde zeer door zijn hevig brandende liefde voor God en zijn grote heiligheid.'

Vrij spoedig na de dood van Petrus Canisius vonden er genezingen en andere gebedsverhoringen op zijn voorspraak plaats. Een proces tot zaligverklaring werd al in 1626 begonnen, maar vond pas in 1864 zijn bekroning. 

De verst strekkende invloed heeft Canisius gehad via zijn geschriften, met name via de verschillende uitgaven van zijn catechismus, die men tot begin deze eeuw zonder meer een 'Canisius' noemde. 'Canisius' werd ook een doopnaam, en de naam waarmee tijdschriften, scholen en verenigingen over heel de wereld en een Nederlandse katholieke Bijbelvertaling zich tooiden.

In 1897 werd Petrus Canisius uitgeroepen tot tweede apostel van Duitsland. In 1925 werd hij heilig verklaard en tevens tot Kerkleraar verheven. Zijn feestdag valt volgens de algemene kalender van de Kerk op 21 december; zijn medebroeders gedenken hem op 27 april.